Un récent tournant dans la recherche sur le cancer provient de l'Institut Garvan, où des scientifiques ont utilisé l'intelligence artificielle pour découvrir des éléments potentiellement cancérigènes dans les régions du génome autrefois considérées comme du "junk DNA". Ces régions non codantes, qui représentent 98 % de notre ADN, pourraient transformer les méthodes de diagnostic et de traitement du cancer.
Image d'illustration Pixabay
Les chercheurs ont publié leurs découvertes dans la revue
Nucleic Acids Research, mettant en évidence des mutations dans ces régions ignorées du génome. Ces mutations seraient impliquées dans la formation et la progression de plusieurs cancers, y compris ceux de la prostate, du sein et du côlon. Cette découverte ouvre la voie à des diagnostics précoces et à de nouveaux traitements pour de nombreux types de cancer.
Le Dr Amanda Khoury, auteure principale de l'étude, a expliqué que l'ADN non codant, autrefois considéré comme inutile, pourrait offrir une approche universelle pour traiter le cancer. En ciblant ces mutations communes, les chercheurs espèrent développer des thérapies plus efficaces.
Les scientifiques se sont concentrés sur les sites de liaison de la protéine CTCF, qui jouent un rôle crucial dans l'organisation tridimensionnelle du génome. Leur perturbation pourrait entraîner des dérèglements géniques et favoriser le développement du cancer. Pour tester cette hypothèse, ils ont utilisé un outil d'apprentissage automatique appelé CTCF-INSITE pour prédire les sites persistants de liaison de CTCF dans 12 types de cancer.
Grâce à cet outil, ils ont analysé plus de 3000 échantillons de tumeurs, révélant que les sites de liaison de CTCF étaient riches en mutations dans tous les échantillons de cancer. Ces mutations confèreraient aux cellules cancéreuses un avantage de survie, leur permettant de proliférer et de se répandre.
Le Professeur Susan Clark, cheffe du laboratoire d'épigénétique du cancer à l'Institut Garvan, estime que ces découvertes pourraient avoir des implications larges pour le traitement de nombreux cancers. Les traitements actuels doivent être adaptés à des mutations spécifiques, souvent rares parmi les différents types de tumeurs, mais les sites de liaison de CTCF offrent une cible commune à plusieurs cancers.
Les prochaines étapes de la recherche incluront des expériences à grande échelle utilisant l'édition génétique CRISPR pour étudier comment ces mutations affectent la structure 3D du génome et favorisent potentiellement la croissance du cancer. Cette approche pourrait permettre de développer des biomarqueurs pour une détection précoce du cancer ou des cibles pour de nouveaux traitements.