Posté par Adrien le Vendredi 09/08/2019 à 08:00
Dans le domaine des simulations moléculaires, l'union fait la force !
Un groupe de scientifiques annonce le partage des méthodes et des pratiques pour les simulations moléculaires sur une toute nouvelle plateforme web appelée "PLUMED-NEST". Leur objectif est de favoriser la transparence et la reproductibilité de la recherche. L'initiative est décrite dans la revue Nature Methods.

Figure: La plateforme PLUMED-NEST met à disposition toutes les données et les protocoles nécessaires pour reproduire les résultats des articles publiés dans les domaines de développements, de méthode et d'applications en biologie, chimie, physique et science des matériaux. La compatibilité des fichiers PLUMED est certifiée avec la version actuelle du code. Le partage des informations par PLUMED-NEST favorise la reproductibilité et la transparence de la recherche scientifique et fournit également un matériel pédagogique pour les nouvelles générations de scientifiques.
© Massimiliano Bonomi

Des scientifiques prêts à travailler ensemble pour promouvoir la transparence, la reproductibilité et la qualité des résultats dans le domaine des simulations moléculaires via un système open source ont créé une nouvelle plateforme pour concrétiser leur engagement. Né il y a 10 ans, PLUMED (www.plumed.org - @plumed_org) est un logiciel open source créé par un petit groupe de chercheurs dans le but de mettre à disposition différentes méthodes dans le domaine de la dynamique moléculaire. Ce type de "microscope numérique" à l'échelle atomique représente aujourd'hui l'une des pratiques de recherche les plus avancées, avec des applications allant de la physique à la chimie, de la biologie aux sciences des matériaux. Les simulations de dynamique moléculaire sont aujourd'hui un outil indispensable pour comprendre les mécanismes les plus sophistiqués des molécules, prédire leur comportement et interpréter les expériences.

Au fil du temps, PLUMED est devenu une plateforme largement utilisée grâce à laquelle les nouvelles techniques pour les simulations moléculaires mises en oeuvre peuvent être rapidement partagées, les rendant ainsi accessibles et faciles à utiliser par tous. Ce projet s'est étendu avec des méthodes toujours plus innovantes visant à accroître son potentiel. Le "PLUMED consortium" est ainsi composé de dizaines de scientifiques et de programmeurs du monde entier dans le domaine de la dynamique moléculaire. L’objectif de l’initiative ? Augmenter la reproductibilité scientifique, accroître l'impact de la recherche et promouvoir les bonnes pratiques en matière de simulation, au travers d’un effort communautaire.

Pour atteindre cet objectif, les scientifiques du consortium se sont engagés à partager les données et les protocoles des simulations utilisées dans leurs travaux scientifiques sur la plateforme web appelée "PLUMED-NEST" (www.plumed-nest.org - @PlumedN). Ainsi, tous les scientifiques peuvent y déposer les données, fichiers et protocoles nécessaires pour reproduire les simulations publiées. L’avantage est évident en termes d'innovation, de partage des connaissances et de formation des nouvelles générations de chercheurs. L'article paru dans la prestigieuse revue est signé du "PLUMED consortium" qui regroupe des chercheurs du CNRS, de l’International School for Advanced Studies (Trieste, Italie), de l’Université de Milan (Italie) et de la Queen's University of Belfast (Royaume-Uni).

Pour en savoir plus

Promoting transparency and reproducibility in enhanced molecular simulations.
PLUMED consortium.
Nat Methods. 2019 Aug;16(8):670-673. doi: 10.1038/s41592-019-0506-8. No abstract available.
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